Университет располагает мощным научным потенциалом. К 2006 году численность профессорско-преподавательского персонала вместе с филиалами составила 864 человека, из них имеют ученые звания и степени - 624, в том числе профессоров и докторов наук - 166 человек.

Десятки ученых СибУПК избраны членами-корреспондентами и академиками различных академий наук, в том числе Российской академии наук, Российской академии сельскохозяйственных наук, Международной академии высшей школы, Международной академии информатизации, Академии социальных наук, Академии гуманитарных наук и других. Для координации научно-исследовательской работы создан Научно-исследовательский институт теоретических и прикладных проблем кооперации.

Исследования выполняются по 24 комплексным проблемам, охватывающим различные отрасли науки. Научно-исследовательская работа координируется с ведущими научными центрами России и Ближнего Зарубежья. СибУПК является соисполнителем в выполнении исследований по темам, включенным в координационный план Российской академии сельскохозяйственных наук.

Ученые университета выполняют совместные исследования с институтами Сибирского отделения академии медицинских наук (по применению серебра и висмута в медицине, по использованию микронизированных зерновых и зернобобовых культур в составе композиций функционального питания и др.), с научными учреждениями СО РАН.

В университете активно ведется подготовка научных кадров, открыта аспирантура по 6 направлениям - технические, экономические, юридические, педагогические, социологические и географические науки и 11 специальностям.

При университете открыты один докторский и два кандидатских диссертационных совета, в которых принимаются к защите диссертации по четырем научным специальностям.