ФГУН Омский НИИ природноочаговых инфекций является единственным в Российской Федерации и СНГ научно-исследовательским учреждением, полностью профилированным по актуальной проблеме природноочаговых болезней. Институт является одним из ведущих НИИ эпидемиологического профиля и занимает лидирующее положение в России в исследованиях по клещевому риккетсиозу и другим представителям группы клещевой пятнистой лихорадки, по эпидемиологии и природной очаговости бешенства, одно из лидирующих мест в Сибири в исследованиях по клещевому энцефалиту, иксодовым клещевым боррелиозам, гранулоцитарному анаплазмозу человека, хантавирусным инфекциям геморрагическая лихорадка с почечным синдромом, биогельминтозам и протозоозам.

На базе института функционирует Сибирский Федеральный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД.