Следственное управление осуществляет процессуальную деятельность по расследованию преступлений, совершенных на морском, внутреннем водном, воздушном и железнодорожном транспорте, а также в сфере таможенного дела на территории 9 субъектов Российской Федерации: Новосибирской, Омской, Кемеровской, Томской областей, Алтайского и Красноярского края, Республики Алтай, Тыва, Хакасия. Кроме того, на аппарат следственного управления возложены функции по осуществлению управления кадровыми ресурсами и обеспечению контроля за деятельностью подчиненных следственных подразделений. 
Основными задачами следственного управления являются оперативное и качественное расследование преступлений, обеспечение законности при производстве предварительного следствия, защита прав и свобод человека и гражданина, выявление причин и условий, способствующих совершению преступлений.